Fin dall'inizio della guerra, alcuni Paesi iniziarono a boicottare la Pilsner Urquell in quanto prodotto tedesco: per questo motivo, le esportazioni del prodotto oltre i confini del paese cessarono. Il birrificio produceva "birra debole di guerra" e sopravvisse solo grazie alla somministrazione di birra agli operai dello stabilimento Škoda.

Durante la guerra, in ognuna delle birrerie Pilsner vennero erette costruzioni protettive chiamate "Splitterschutzzelle" (torri di osservazione) o "Einmannbunker" (bunker singoli). Erano dei semplici cilindri di cemento con aperture molto strette e furono probabilmente tra le prime strutture fortificate prefabbricate. Non fornivano un riparo adeguato durante le incursioni aeree, ma venivano utilizzati come torri di osservazione per le pattuglie distaccate.

Verso la fine della guerra, Pilsen subì un bombardamento ed entrambe le birrerie furono ampiamente danneggiate: la Gambrinus, in particolare, fu quasi completamente distrutta. Dopo la fine dei bombardamenti, le pattuglie antincendio utilizzarono queste torri di osservazione per monitorare i risultati dei raid aerei e per aiutare a localizzare le bombe inesplose.