Nei primi decenni del XX secolo, questo sito era utilizzato per lo scarico e il carico della posta e aveva accesso diretto a via Ferrante Aporti (oggi piazza Edmond J. Safra, 1), sul lato destro della stazione. Qui si trova un'ampia apertura adatta all'ingresso dei camion, con un vano molto profondo all'interno.

Nel periodo tra il 1943 e il 1945, durante l'occupazione nazista e la Repubblica Sociale Italiana, da qui partirono numerosi convogli di ebrei destinati ai campi di concentramento e di sterminio nazisti, soprattutto Auschwitz-Birkenau. Il campo era anche il punto di partenza di alcuni convogli di prigionieri politici destinati a Mauthausen o, insieme ai deportati ebrei, al campo di transito di Fossoli.

Il “carico” dei deportati avveniva in un'ampia area buia, lontano da occhi indiscreti. Il trasferimento dal carcere milanese di San Vittore alla Stazione Centrale avveniva all'alba. I prigionieri, stipati in camion chiusi da grandi teloni, arrivavano al piano sotterraneo di via Ferrante Aporti e venivano caricati a forza, tra fischi, urla e abbaiare di cani, su carri bestiame che si fermavano sui binari nella parte più profonda. Il carro è stato quindi collocato su un carrello traslatore, che si è mosso lungo i binari di una lunga galleria sotterranea, è stato collocato su un montauto e sollevato fino a un binario di manovra all'aperto, da dove è ripartito dopo essere stato agganciato al resto del convoglio.

Circa ottanta deportati per vagone, stipati in uno spazio molto piccolo, furono costretti a viaggiare per giorni in condizioni disumane. Questo sito, dove ora sorge il Memoriale, ha un alto valore storico e testimoniale, dovuto all'integrità fisica di questi spazi, che sono stati riportati il ​​più possibile al loro aspetto originale attraverso lavori di scavo archeologico, preservando i segni del tempo sulle strutture in cemento armato e ferro.

Il percorso all'interno del Memoriale si snoda lungo vaste sale avvolte in un'oscurità spettrale. È un'esperienza che fornisce informazioni significative ed evoca forti emozioni, ricordando gli eventi passati che l'ambiente ritrae in una luce cruda e realistica. Intervallato da un silenzio di pietra, si possono udire un rumore fragoroso e un forte rimbombo provenire dal soffitto, che scuote l'intero piano interrato, innescato dai treni che si muovono sui binari soprastanti.

Il Memoriale è composto da due parti essenziali. Il luogo della Rimembranza, costituito dall'area dei binari, dove le trincee sono visibili in profondità e dove si trova il Muro dei Nomi. Su questa parete sono incisi i 774 nomi degli ebrei deportati nei primi due convogli (6 dicembre 1943 e 30 gennaio 1944). Questi convogli andavano direttamente dalla Stazione Centrale ad Auschwitz-Birkenau e solo ventisette dei deportati sopravvissero. I pannelli della mostra permanente, intitolata "Viaggio della Memoria", sono posizionati lungo i pilastri della campata. Il Laboratorio della Memoria, ovvero la sezione di apprendimento e studio, si trova poi nell'area che si affaccia sulla strada. C'è anche un auditorium nel seminterrato, assegnato a lezioni e dibattiti.

Una parete all'ingresso del Memoriale reca una grande iscrizione "indifferenza", che, secondo Liliana Segre, che fu deportata qui a 13 anni e fortunatamente sopravvissuta, fu una delle ragioni principali che resero possibile la tragedia della Shoah.