Ciò determinò l’abbandono della città da parte della maggior parte dei suoi abitanti, già dal giugno del 1943.

In Via Giudice, strada adiacente al borgo antico di Eboli, il 4 agosto gli alleati sganciano le loro bombe: le vittime, sette frati e un bambino, vengono sorprese in luoghi di rifugio fuori dalle mura.

Il giorno 10 luglio 1943 gli anglo-americani sbarcano in Sicilia e iniziano la conquista della penisola. Il 26 luglio formazioni di aerei nemici effettuarono la prima incursione su Eboli, sganciando bombe nei pressi del mercato coperto, in corso Matteo Ripa. Vi furono tre morti, un civile e due soldati.

Quella prima incursione fu un campanello d’allarme, infatti, la popolazione temendo il ripetersi di altre incursioni abbandonò la città riversandosi sui monti limitrofi o in altri paesi vicini. Una seconda incursione si ebbe la sera del 4 agosto e questa fu molto più devastante: le varie formazioni di aerei che vi parteciparono fecero cadere tonnellate di bombe sulla città, con l’evidente scopo di raderla al suolo. Le abitazioni di Eboli furono distrutte per il 70%. Sarebbe stata una carneficina se gli abitanti della città non si fossero decisi a lasciarla dopo la prima incursione, tuttavia vi furono dei morti, tra cui un bimbo di 5 anni colpito da una scheggia di bomba e sette padri cappuccini del locale convento di San Pietro alli Marmi, i quali si erano rifugiati nella grotta del giardino del convento.

L'immediato dopoguerra si caratterizza per la ricostruzione di quanto distrutto, con la creazione dei quartieri Molinello e Paterno, mentre nell'ex campo sportivo "Littore" viene realizzata la chiesa di San Bartolomeo. Gli anni Cinquanta sono gli anni della riforma agraria che determina nel territorio ebolitano l'esproprio di 7500 ettari di terreno e la creazione di diversi poderi che danno vita alle borgate di Cioffi, Scanno, San Cesareo, Santa Cecilia e Fiocche.