Nella città di Harlingen furono lasciati indietro oltre 400 soldati tedeschi, con l'ordine di difendere la città dall'avanzata delle truppe canadesi. Il 15 aprile 1945 iniziarono a compiere atti di distruzione. I ponti della strada Midlummerweg sul canale Ried, della strada Kimswerderweg sul canale Bolswardervaart e il ponte ferroviario sul canale Achlumervaart furono fatti saltare in aria.

Le forze di occupazione affondarono le navi alla bocca del porto e nel porto di Nieuwe Willemshaven per ostacolare la navigazione dal Mare dei Wadden. I motori del cantiere navale, le gru e le gru galleggianti furono distrutte, anche se il cantiere navale e le installazioni portuali furono risparmiate.

Per ritardare l'avanzata attraverso le vie d'acqua interne, affondarono anche le navi nello Zuiderhaven (porto meridionale) prima della Kleine Sluis (chiusa minore) e nel Noorderhaven (porto settentrionale) prima della Grote Sluis (chiusa maggiore). Queste chiuse erano gli unici accessi dall’entroterra della Frisia verso il Mare dei Wadden. Le attuali chiuse Van Harinxmakanaal e Tjerk Hiddes furono costruite solo dopo la guerra. Infine, diverse navi rimasero a terra presso il ponte del porto e il ponte Principe Hendrik. Complessivamente, diciassette navi furono affondate ad Harlingen dalle forze di occupazione.

Che la distruzione avrebbe potuto essere molto maggiore è evidente dalla dichiarazione dell’allora Hafenkapitän Leutnant zur See (Capitano di porto tenente di vascello), il dottor Hans Günter Heinze, rilasciata nel 1983. Egli dichiarò:

«Per inciso, in qualità di capitano del porto di Harlingen, riuscii a far sì che le mura della banchina non venissero fatte saltare in aria come previsto, ma che venissero affondate alcune chiatte e una nave all’ingresso del porto come male minore. Il comandante dell’artiglieria navale, in qualità di comandante locale, voleva far esplodere anche la torre dell’acqua e le chiuse, per mettere sott’acqua l’intera Frisia. Solo quando gli chiesi se pensava che i canadesi si sarebbero fermati nella loro avanzata per paura di morire di sete, e gli feci notare che se avesse avuto l’audace progetto di sommergere l’intera Frisia attraverso le piccole chiuse, avrebbe dovuto lasciare le chiuse intatte per poterle chiudere con la bassa marea, tutto si fermò. Per mettere le cose in chiaro, voleva allagare solo la zona intorno ad Harlingen per difendere la città, ma non sapeva che l’entroterra era un grande polder che copriva la Frisia.»

Durante il bombardamento canadese di Harlingen, il 16 aprile 1945, anche il porto fu un obiettivo primario perché l’artiglieria tedesca era ancora posizionata lì. Il rimorchiatore "Edzo Jan", con cui l’Hafenkapitän e alcuni altri soldati tedeschi cercarono di fuggire, fu individuato dall’aria durante la liberazione e colpito dai bombardamenti dell’artiglieria canadese. Ciò causò diverse vittime a bordo e la nave tornò in porto.