Egli prese il comando delle truppe americane che combatterono la dura e lunga campagna d'Italia, a capo dell’Operazione Avalanche. Mark Clark fu uno dei generali alleati più discussi e controversi della Seconda guerra mondiale.

Nel 1943, il generale Mark Clark divenne comandante generale della 5a Armata in Italia e nel 1944 assunse il comando del 15° Gruppo d'Armate, composto da tutte le forze alleate in Italia. Egli guidò l'operazione militare denominata Avalanche. In quest’operazione il corpo d'assalto era composto da due corpi d'armata: il VI Corpo statunitense, comandato dal Magg. Ernest Dawley, e il 10° Corpo britannico, comandato dal Ten. Gen. Richard McCreery. Il D-day fu fissato per il 9 settembre e gli obiettivi immediati delle forze d'assalto erano conquistare Salerno e il campo d'aviazione di Monte Corvino; conquistare la città portuale di Salerno e la città portuale di Napoli e i campi d'aviazione circostanti. L’operazione Avalanche era stata concepita dagli angloamericani tra molti malumori e perplessità. I meno convinti erano gli statunitensi che avrebbero preferito dedicarsi alla preparazione dello sbarco nella Francia del Nord, il vero secondo fronte europeo. Pur con qualche eccezione, i britannici spingevano invece in una direzione molto diversa, privilegiando una guerra periferica, mediterranea e di logoramento, senza attacchi frontali agli anelli più forti della catena difensiva dell’Asse.

Il compromesso tra queste due visioni tanto contrastanti fu raggiunto in maggio a Washington D.C. (Trident Conference), quando venne indicata finalmente una data ipotetica per l’attacco al di là della Manica: il 1° maggio 1944. In quella stessa occasione si stabilì che, una volta conquistata la Sicilia, Eisenhower era autorizzato ad adottare tutte le misure necessarie per spingere il Regno d’Italia fuori dalla guerra e costringere i tedeschi a impegnare quante più forze possibili nella difesa del ventre molle dell’Asse.

Per queste ragioni la pianificazione di Avalanche fu dominata dai tagli e dalle incertezze, dalle risorse decisamente inadeguate, a iniziare dalla guida prescelta per l’operazione.

Le carenze di uomini e mezzi che Clark aveva a disposizione si sommarono, inoltre, ad alcuni errori d’impostazione. Il golfo di Salerno era infatti considerato dai tedeschi un obiettivo quasi scontato, perché rappresentava il punto di massima estensione della protezione aerea che i caccia Alleati potevano garantire dagli aeroporti disponibili. Eppure Clark rinunciò al cannoneggiamento preventivo della costa da parte della flotta, proprio nella vana speranza di cogliere di sorpresa i nemici. Per di più divise le forze ponendo il VI Corpo d’armata USA a sud del Sele (la 36a Infantry Division, con la 45a in riserva sulle navi) e il X Corpo d’Armata britannico (la 46a e la 56a Divisione) a nord dello stesso fiume.

Inoltre, nel 1945, il generale Clark fu capo delle forze di occupazione statunitensi in Austria e Alto Commissario degli Stati Uniti per l'Austria. In qualità di vice del Segretario di Stato americano, negoziò un trattato per l'Austria con il Consiglio dei Ministri degli Esteri. Come comandante in capo del Comando delle Nazioni Unite, nel 1953 il generale Clark firmò un armistizio militare tra il Comando delle Nazioni Unite, l'esercito nordcoreano e i Volontari del Popolo Cinese in Corea. Nel 1953, il generale Clark accettò la presidenza di The Citadel, dove rimase in carica per dodici anni. Dopo il pensionamento, è stato nominato Presidente emerito del college. Il generale Clark è morto nel 1984 ed è sepolto nel campus di The Citadel accanto alla Mark Clark Hall.